
Syrebrist och andra störningar påverkar tillståndet på havsbotten
Havsbotten erbjuder många olika typer av livsmiljöer för Östersjöarter. Alla bottenområden är dock inte som förut. Förändringar är synliga i bentiska livsmiljöer.
Finlands havsområden har många olika typer av bentiska livsmiljöer. Ler-, grus-, sand- och klippbottnar upprätthåller var sin typ av biologiska livsmiljöer. Vegetationen ökar livsmiljöns mångfald i de områden där det finns tillräckligt med ljus. Däremot hör den mörka zonen helt till djurens rike. Där lever djur som bl.a. livnär sig på uppifrån sjunkande växtavfall.

Artsammansättningen och syrehalten berättar om tillståndet på havsbotten
Havsbottens tillstånd bedöms direkt med hjälp av vattenvegetation och bottendjur och genom att mäta syrehalten i vattnet nära botten.
Syrehalten är en viktig indikator, eftersom tillgången på syre dikterar organismernas livsmöjligheter. I ett eutrofierat hav hotar syret att ta slut på botten. Det här beror på att i frodiga vatten produceras mer organismrester och avfall som sjunker till havsbotten. Detta betyder att de bottenlevande nedbrytande mikroberna får mer arbete. Eftersom också de nedbrytande mikroberna behöver andas, förbrukar den kraftfulla nedbrytningsaktiviten bottens syrereserver.
Vid kusten ses övergödningen särskilt som en nedgång och utarmning av vattenvegetationen. Blåstång och rödalger finns kvar bara i de grundaste vattnen. I eutrofierade områden är också andelen känsliga vattenväxter i vegetationen mindre. Eutrofierade kuster förekommer i alla Finlands havsområden.

Havsbotten är utsatt för skador
Förutom övergödning kan havsbottnens välmående också hotas av konkret verksamhet, såsom muddring och havs- och kustbyggen. De kan orsaka lokala skador på havsbotten och dess ekosystem.
Båttrafik i grunda havsområden kan också störa lugnet på havsbotten. Bottenvågor som genereras av fartyg och fritidsbåtar blandar sedimenten och utsätter dem för erosion. Båtankare kan riva upp vegetation från havsbotten. Sådana störningar är dock vanligtvis kortvariga; bottensamhällena återhämtar sig från dem ganska snabbt, om inte störningen upprepas.