Den ljusa zonen sträcker sig i Östersjön som mest till drygt 20 meters djup. Nedanför den blir mörkret en permanent del av miljön. Ju djupare man kommer, desto mer förändras artsammansättningen, och till slut försvinner de sista växterna och algerna som är beroende av solljus. I deras ställe finns olika ryggradslösa djur.
Havstulpanen kom in i Östersjön redan i början av 1800-talet. Den är den enda rankfotingen på den finska kusten. Själva djuret gömmer sig inuti ett kalkskal. Havstulpanen trivs inte i Bottenviken eftersom vattnet där inte är tillräckligt salt.
Vitmärlan hittar man överallt på kusten. Den äter växtplankton som sjunkit till havsbotten. På en kvadratmeter botten kan det finnas upp till 10 000 vitmärlor. Visserligen lider arten av syrefria bottnar orsakade av övergödning.
Skorven (allmänt kallad spånakäringen) är ett stort kräftdjur och kan bli upp till 10 cm lång. Skorven äter as och fångar märlor och östersjömusslor. Skorven trivs i kallare vatten, och på sommaren stannar de därför på djupare havsbottnar. De föredrar också mera skuggiga och mörka livsmiljöer.
Östersjömusslan är den mest utbredda arten i Östersjön. Den trivs på alla typer av mjuka botten. Dess larver duger särskilt väl som föda för strömming och skorv.
Havsbottnen i Östersjöns djup kan vid första anblicken verka lika öde som månens yta. Varken växter eller alger syns till, och landskapet tycks vila i mörker och stillhet.
För oss människor skulle förhållandena vara svåra att leva i, men många små djur är väl anpassade till denna miljö. En del arter lever nedgrävda i bottnen, medan andra kryper över sedimentytan eller simmar strax ovanför den. Vissa arter tillbringar hela sitt liv fästa vid stenar eller klippytor.
Kampen om födan är ständig. Näringsväven på djupa bottnar bygger på organiskt material som sjunker ner från de övre vattenlagren och samlas på havsbottnen. Musslor och många andra djur filtrerar små partiklar ur vattnet och använder dem som föda. Det finns också gott om rovdjur och asätare som utnyttjar de begränsade födoresurserna.
Djupbottnarnas djursamhällen är förhållandevis likartade längs hela kusten. I djuphålorna på öppna havsområden hör vitmärla (Monoporeia affinis) och pungräkan Mysis salemaai till de vanligaste arterna. Dessa kräftdjur, som bara är omkring en centimeter långa, kan förekomma i enorma mängder, ibland upp till 10 000 individer per kvadratmeter. När märlorna gräver och rör om i bottnensedimentet syresätter de effektivt ytskiktet. Med jämna mellanrum lämnar de bottnen och simmar iväg för att söka nya områden.
Märlorna jagas av många små rovdjur, bland annat havsborstmaskar och särskilt den slamlevande havsgråsuggan, som är specialiserad på att fånga kräftdjur. En mycket vanlig invånare på mjukbottnar är den ett par centimeter långa gurkmasken. Dess släta kropp påminner till formen om en liten prinskorv. Av den nedgrävda masken syns oftast bara den utskjutbara fångstsnabeln, försedd med sabelformade tänder.
Bland de större bottenlevande djuren märks östersjömusslan, som lever stillasittande nedgrävd i sedimentet, samt havsgråsuggan, ett rovdjur som kryper fram över bottnen och kan bli upp till tio centimeter lång. Den livnär sig inte bara på levande bytesdjur utan även på döda organismer som sjunkit ned till havsbottnen. På sten- och klippbottnar är blåmussla, havstulpan och kalkskorpa vanliga arter, tillsammans med olika polyper som fäster sig vid hårda ytor.
På Bottenvikens vattenområden, där salthalten är låg, hör svampdjur och kaspisk hydrozo till de viktigaste filtrerarna på djupa bottnar. I östra Finska viken, som också kännetecknas av relativt låg salthalt, förekommer dessutom havstulpaner.
I de östra delarna av Finska viken kan man numera också stöta på vandringsmusslan. Denna randiga mussla, som fäster sig vid hårda ytor, har sitt ursprung i områdena kring Svarta havet, Kaspiska havet och Azovska sjön. Därifrån har den sannolikt spridit sig till Östersjön via floder och kanaler. I Finlands havsområden observerades arten för första gången år 1995.
Längs sydvästkusten kan man i sin tur möta en främmande art med ursprung i Nordamerika, den slamlevande penselkrabban. Arten har etablerat sig vid Finlands kust relativt nyligen. Det första fyndet gjordes år 2008, men sedan dess har beståndet ökat snabbt.
Slamlevande rörmaskar hör också till de nyare invandrarna i Östersjön. Dessa havsborstmaskar kan bli upp till tio centimeter långa. De förekommer naturligt i Atlanten och Ishavet, men i Finlands havsområden har de påträffats först sedan 1990-talet. Därefter har de spridit sig längs hela den finländska kusten. Rörmaskarna gräver djupa gångar i mjuka bottensediment, både i skyddade vikar och på mer exponerade havsbottnar.
Östersjöns eutrofiering och syrebristen i djuphålorna utgör ett allvarligt hot mot bottnarnas organismsamhällen. När havet eutrofieras ökar mängden organiskt material som sjunker ned till havsbottnen. Nedbrytningen av detta material förbrukar stora mängder syre, vilket ytterligare förvärrar syrebristen. När syret tar slut börjar fosfor som tidigare varit bunden i sedimentet frigöras tillbaka till vattnet. Detta stimulerar alg- och växtproduktionen och förstärker eutrofieringen ytterligare. Fenomenet kallas intern belastning.
Syrebrist på havsbottnen är särskilt vanlig i Finska viken och Skärgårdshavet. Under de senaste åren har syrefria bottnar emellertid också påträffats i Bottenhavet.
Djupbottnarnas djurarter skiljer sig åt i sin förmåga att tåla syrebrist. Vitmärla och pungräka är känsliga för låga syrehalter, medan gurkmaskar och olika slamlevande rörmaskar klarar förhållandena betydligt bättre. Om syrebristen blir långvarig slås dock även de mest tåliga bottendjuren ut så småningom.
Vitmärlor och många andra arter på mjukbottnar spelar en viktig roll för havets välbefinnande. Genom att gräva och röra om i sedimentet för de ner syre i bottnens ytskikt. På så sätt förbättras sedimentets förmåga att binda fosfor, vilket minskar näringsbelastningen och motverkar eutrofiering.
Organismsamhällena på sten- och klippbottnar står inför andra utmaningar. I ett eutrofierat hav sjunker stora mängder partiklar ned mot bottnen. När materialet ansamlas kan det kväva fastsittande vuxna organismer. Samtidigt gör den ökande sedimentationen att bottnarna slammas igen, vilket försvårar för ryggradslösa djurs larver att fästa sig på sten- och klippytor.
De glosögda pungräkorna tycker så illa om ljus att de lämnar de mörka djupen bara på natten.
