

Verksamhet som påverkar havsbotten orsakar många typer av skador på den marina naturen. Byggande, muddring och uttag av havssand förstör livsmiljöer. De kan också grumla vattnet och släppa ut skadliga ämnen begravda i sedimenten.
Den höga befolkningstätheten och den snabba sociala utvecklingen i Östersjöregionen orsakar användningstryck på kust- och havsområden. Hög efterfrågan på byggmark ökar byggandet av stränder, vallar och utnyttjandet av havet. Också användningen av öppna havet ökar. Där justeras farleder och vindkraftsparker planeras. Långa kablar och rör anläggs på havsbotten och havssand uttas. Alla dessa verksamheter belastar den marina miljön.
Behovet av att modifiera havsbotten beror delvis på en naturlig utveckling. Landhöjningen och material från älvar minskar på vattendjupet vid kusten, varför farleder och hamnar måste muddras upprepade gånger. Muddring eftersträvas också som en lösning för underhåll av stugstränder och passager för fritidsbåtar.
Muddring, uttag av havssand och dumpning av muddringsmaterial frigör havsbottens finfördelade fasta material ut i vattenmassan. Fasta partiklar försämrar vattenkvaliteten och bildar grumlighetsmoln. Omfattningen av effekterna varierar beroende på områdets flödesförhållanden och sedimentets kvalitet.
Grumlighetsmolnen skuggar havsbotten. Växter och alger som kräver ljus lider, vilket kan återspeglas i hela livsmiljöns struktur. När det fasta materialet så småningom lägger sig på botten kan det kväva växt- och algsamhällen och täcka fiskens förökningsområden. Musslor som filtrerar sin föda från vattnet påverkas också av havsbottnens igenslamning.
Igenslamning orsakad av nedfallande fasta partiklar är särskilt skadlig för vissa känsliga livsmiljöer, såsom alg- och musselbäddar i rev.
Muddring kan också sätta igång skadliga ämnen från havsbotten, vilka har lagrats i Östersjöns bottensediment under decennier. Skadliga ämnen finns i hela Östersjön, men mest i närheten av kustnära industrianläggningar och hamnar samt utanför städer.
När storskaliga byggnadsarbeten utfördes i Nevaviken 2006 och 2008 transporterades fint material med bundna skadliga ämnen till Finska upp till tiotals kilometer från kusten.
Skadliga ämnen lagrade i Östersjöns bottensediment är generellt sett ganska väl kända. En mer detaljerad information om de mest förorenade platserna är dock ofta bristfällig. Man vet inte exakt vilka ämnen och hur mycket som finns lagrade i sedimenten.
Bristfällig information kan orsaka tråkiga överraskningar. När man började muddra Nordsjö hamn våren 2003 måste arbetet snabbt stoppas på grund av giftigt tributyltenn (TBT) som hittades från bottensedimenten. Ämnet härstammade från ett tidigare verksamt båtvarv, där gammal färg hade avlägsnats från fartyg genom sandblästring. De TBT-haltiga sedimenten måste avlägsnas och stabiliseras, det vill säga överföras i fast form, innan arbetet kunde fortsätta.
Muddring av havsbotten och uttag av havssand är drastiska åtgärder som förstör marint liv och utsätter havsbotten för erosion. Effekterna av ingreppen är vanligtvis långvariga. Om muddring måste upprepas med jämna mellanrum, till exempel på grund av farledsunderhåll, hinner inte det marina livet att återhämta sig alls. Sedimentets ytmaterial kan också förändras efter muddring, vilket påverkar livsmiljöerna som möjligen utvecklas i området.
Muddring ändrar också på havsbottnens former. Detta kan direkt påverka livschanserna för organismer, men kan också förändra vattenflöden. Till exempel om en båtrutt öppnas vid mynningen av en avskiljande vik, dvs. en flada, ökar havsvattenflödet in i den skyddade fladan, vilket i värsta fall kan förstöra den växtlighet som är karakteristisk för naturtypen.
Havsbottnens livsmiljöer går också permanent förlorade på grund av utfyllning av vattenområden och byggande av vallar. Havsbotten blir också under bryggor, vindkraftsparker, rör och kablar till havs. Å andra sidan kan de nya strukturerna också fungera som ett slags konstgjorda rev, där vissa arter kan hitta en lämplig fästplattform.
I Finland är influensområdet för åtgärder som påverkar havsbotten relativt litet jämfört med hela havsområdet. Muddring och byggande kan dock ha en stor lokal betydelse för havsbottnens livsmiljöer.
Livsmiljöer har förlorats mest i Finska viken, särskilt i dess litoralzon, dvs. den grunda strandzon som påverkas av vågor och där ljus finns tillräckligt för vattenväxter. Mer än två procent av Finska vikens litoralzon har förlorats på grund av havsbyggande och muddring.