

Östersjöns planktonsamhällen lever i bräckt vatten. Detta kan ses i plankton, som dels består av havsarter och dels av arter kända från insjöar. Marina arter kräver en rätt hög salthalt. Sötvattensarter lever däremot särskilt nära kusterna i Bottenviken och i Finska vikens grunda områden med låg salthalt. Andelen marina djurplanktonarter i Östersjön har minskat på senare tid.
Östersjöns salthalt påverkas både av älvar, som för med sig sötvatten, och av inströmmande oceanvatten, så kallade saltvattenpulser, genom de danska sunden. Vattnets salthalt, temperatur och näringsinnehåll påverkar artsammansättningen hos växt- och djurplankton.
Östersjöns växtplankton är anpassad till bräckt vatten med låg salthalt. Djurplanktonsamhällen är däremot mycket känsliga för miljöförändringar.
När det finns ont om saltvatten blir framför allt marina djurplanktonarter mindre vanliga. Klimatförändringarna förväntas ytterligare söta Östersjöns vatten, vilket återspeglas i planktonsamhällena. Samtidigt sker en höjning av havsvattentemperaturen.
Tillståndet för planktonsamhällen och deras livsmiljöer bedöms genom övervakning av både växt- och djurplanktonarter med flera indikatorer.
Med växt- och djurplanktonindikatorer fås en uppfattning om övergödningen av livsmiljön: mängden blågröna alger har ökat i flera områden, och djurplankton innehåller allt mer små arter som är kännetecknande för frodiga vatten.
Eftersom uppvärmningen av vattnet leder till en försämring av syresituationen nära havsbotten, kan klimatförändringar ytterligare förstärka övergödningens effekter. Syrebristen i botten förvärrar den s.k. interna belastningen, dvs. utsläppet av fosfor från botten tillbaka till vattenmassan. Detta ökar näringshalterna i vattnet, vilket i sin tur påskyndar blomningar av blågröna alger.
Förändringar i växt- och djurplanktonsamhället påverkar Östersjöns näringsväv och även kommersiella fiskbestånd. Det förändrade planktonsamhället bjuder på sämre föda för strömming och skarpsill och andra planktonätande fiskar.