Observationsdata om havsvattenstånd och vattentemperatur kommer från mareografer, dvs. vattenståndsmätstationer. Stationerna ligger vid kusten. Vattenståndet redovisas i N2000-systemet. Avläsningarna berättar om hur mycket vattnet är högre eller lägre än medelnivån. Sensorerna som mäter vattentemperaturen är fästade vid mareografen på ett djup av 2-3 meter, så att den alltid ligger under vattnet trots variationer i vattenståndet.

Läs mera om N2000 systemet: Havsvattenståndets höjdsystemen i Finland(siirryt toiseen palveluun)

Våghöjdsvärdet anger den signifikanta våghöjden uppmätt av en vågboj, vilket motsvarar den synliga våghöjden. Vågbojarna tas upp för vintern, så att observationer inte alltid är tillgängliga. Därför är en del av mätarna på Östersjön nu grå under vintersäsongen. Vågbojarna placeras på öppna havet. Skärgårdshavet och Ålands hav har ingen vågboj.

Algblomnings- och siktdjupsmätningen bygger på satellitobservationer av varje havsområde och automatiska mätanordningar på fartyg i reguljär trafik. Stora mängder satellitobservationer samlas in från varje havsområde under molnfria dagar. Automatiska observationer från fartyg tas emot dagligen eller med några dagars mellanrum från Skärgårdshavet, Åland, Finska viken och Östersjöns huvudbassäng. Inga observationer fås från ruttfartygen i Bottenviken och Bottenhavet.

Algblomningsmätaren, som beskriver algmängden i området, grundar sig på a-klorofyllkoncentrationen, som är som högst på våren och högsommaren. Mätaren beskriver framför allt intensiteten av algblomningen i det öppna havsområdet. Under högsommaren berättar mätaren främst om mängden blågröna alger. På våren domineras algerna av pansar- och kiselalger. På våren, och ofta även i juli och augusti, innehåller vattnet vanligen rikligt av planktonalger.

Siktdjupsmätaren visar vattnets genomsnittliga klarhet i havsområdet. Mätningarna görs nära kusten i varje havsområde. Siktdjupsförändringarna i kustvattnen är som störst efter kraftiga regn och under vårsmältningen, då älvarna transporterar stora mängder grumligt material till kustvattnen. Dessutom lyfter starka vindar vid kusten upp material från botten till ytan, vilket leder till en tillfällig minskning av siktdjupet. På sommaren, under blomningar av blågröna alger, är sikten tidvis låg. Sikten är som störst efter en lång lugn period utan regn, och på senhösten och vintern då planktonalger är fåtaliga.