Östersjön är ett litet hav omgivet av många länder

Gränsen mellan de danska sunden och Kattegatt definieras som den yttre gränsen av Östersjön. Skagerrak och Kattegatt brukar inte anses tillhöra Östersjön. Danmarks smala sund är livsviktiga för Östersjön, för att endast genom dem är Östersjön i förbindelse med världshaven.

Med de danska sunden avses de två intilliggande vattendrag som förbinder Östersjön med Nordsjön. Ett av vattendragen är det smala Öresund, som ligger mellan Sveriges södra kust och den danska ön Sjælland. Det andra är Bälthavet, mellan ön Sjælland och Jyllandshalvön. Bälthavet är uppdelat i två sund: Stora Bält och Lilla Bält.

Alla dessa sund är grunda, vilket begränsar vattenutbytet mellan Östersjön och Nordsjön. Den grundaste är Öresund, som minst endast 7-8 meter djupt. Ett annat grunt ställe ligger i Bälthavet, söder om Danmarks sund. Denna tröskel (Darss) reser sig till ett djup på 18 meter under vattenytan. Tröskeln är avgörande för vilken typ av fartyg – hur djupgående – kan nå Östersjön.

I de danska sunden är salthalten i ytvattnet klart högre än i andra delar av Östersjön – minst dubbelt så mycket som i Östersjöns huvudbassäng. Sundens salthalt varierar också beroende på hur vindarna och strömmarna transporterar vatten från Nordsjön till Östersjön och vice versa.

På grund av salthalten är de danska sunden hem för många marina arter som inte påträffas någon annanstans i Östersjön. Långt över 1000 makroskopiska arter, dvs. sådana som är synliga för blotta ögat lever där, jämfört med t.ex. Bottenhavet med mindre än 400.

När ett fartyg på väg till Östersjön har passerat genom de danska sunden kommer det först till Arkonabassängen, som ligger mellan Sverige och Tyskland. Därifrån fortsätter fartyget sin färd till Bornholmbassängen som breder ut sig på den östra sidan av ön Bornholm.

På sin färd längre österut eller norrut kommer fartyget till Gotlandsbassängen som är uppdelad i tre delar: östra, västra och norra Gotlandsbassängen. Intill den östra bassängen finns två stora vikar, Gdanskbukten i söder och Rigabukten i norr.

Det stora havsområdet som täcks av Arkona-, Bornholm- och Gotlandsbassänger kallas ofta för Egentliga Östersjön eller alternativt Östersjöns huvudbassäng. Havsdjupet varierar där vanligtvis mellan 50 och 100 meter, men på vissa ställen är djupet över 200 meter.

De grundaste områdena i Egentliga Östersjön finns i söder. Den djupaste punkten ligger i de norra delarna av västra Gotlandsbassängen. Detta Landsortdjup har ett djup på 459 meter, och det är den djupaste punkten i hela Östersjön.

Eftersom de djupa vattnen i Egentliga Östersjön är permanent skiktade enligt salthalt, är de ofta syrefria. De största syrefria bottenområdena i Östersjön finns i Gotlandsbassängen. Områdets ytvatten är dessutom plågat av övergödning. Massförekomster av blågröna alger förekommer ofta i den centrala delen av Östersjön.

Finska viken på södra sidan av Finland är en direkt förlängning av Gotlandsbassängen, eftersom det inte finns några åsar eller trösklar på botten som begränsar vattencirkulationen vid vikens mynning. Näringsrikt djupvatten kan därför obehindrat tränga in i Finska viken från Gotlandsbassängen, vilket är orsaken till att Finska vikens bottenområden ofta plågas av syrebrist. Närsaltshalterna i ytvattnet är högre än på andra håll i Östersjön, vilket leder till övergödning och massförekomst av blågröna alger.

Bottniska viken, som är Östersjöns nordligaste bassäng, är relativt isolerad från övriga Östersjön. Bottniska viken är uppdelad i Skärgårdshavet, Ålands hav, Bottenhavet och Bottenviken. Mellan Bottenhavet och Bottenviken finns ett smalt och grunt område, Kvarken. Eftersom Kvarkens djupaste ställe består av en 25 meter djup tröskel är vattenflödet genom området begränsat.

Det splittrade Skärgårdshavet bromsar också upp havsvattenflöden från Egentliga Östersjön till Bottenhavet. Skärgårdshavet fungerar också som ett slags näringsfilter: dess långsamma strömmar och rikliga organismsamhällen behåller näringsämnen och hindrar dem från att flöda norrut. Samtidigt lider dock själva Skärgårdshavet av övergödning.

Norr om Skärgårdshavet – i Bottenhavet och Bottenviken – mår bottenområdena bättre än i Finska viken eller Östersjöns huvudbassäng. Dessutom är fosforhalten i vattnet lägre än på andra håll i Östersjön, och massförekomster av blågröna alger är sällsynta.

Det speciella med Finska viken och Bottniska viken är att i båda områdena sker en snabb salinitetsminskning mot de innersta delarna av viken. Bottenviken har också mycket låg salthalt jämfört med övriga Östersjön; salthalten i dess ytvatten är bara 3,5 promille, medan saliniteten i Egentliga Östersjön är dubbelt högre. En annan speciell egenskap i Bottniska viken är den snabba landhöjningen, vilken påverkar kustmiljöerna.

Ålands hav mellan Åland och Sverige ligger i en förkastningszon, och dess botten har branta strukturer. I närheten av Märkets fyr, Finlands västligaste plats, sjunker havsbotten till ett djup av 300 meter, 301 meter för att vara exakt. Detta är det enda området i Östersjön där man kan nå så stora djup så nära land.

Bottenhavets djupaste punkt är 293 meter och Bottenvikens 146 meter. Dessa djup ligger närmare Sverige än Finland. Den djupaste punkten i Finska viken, 123 meter, ligger utanför Estlands nordvästra kust.