Kalakantoja hoidetaan säätelemällä saalismääriä ja pyyntiä
Suomen merialueen tärkeimpiä saaliskaloja ovat silakka ja kilohaili. Niiden kannat ovat voimissaan, mutta muun muassa Saaristomeren kuhakannat ovat heikossa tilassa. Meritaimen on arvioitu äärimmäisen uhanalaiseksi.
Silakan, kilohailin ja lohen pyyntiä säädellään osana Euroopan unionin yhteistä kalastuspolitiikkaa. Se määrittää kullekin kalakannalle suurimman sallitun pyyntimäärän. Sen sijaan rannikon kalakantoja säädellään kansallisesti asettamalla kaloille alamittoja tai antamalla määräyksiä pyynnistä ja pyydyksistä.
Merenhoitosuunnitelman toimintaohjelmassa korostetaan rannikon kalakantojen hoitoa. Hoidon pohjaksi tarvitaan entistä parempaa tietoa kalakantojen nykytilasta. Erityisen huomion kohteena on harvinainen meriharjus, jonka luontainen lisääntyminen on heikkoa.
Merenpohjan luonnonvarojen käytöstä tehdään valtakunnallinen suunnitelma
Merihiekan ja muiden merenpohjan kiviainesten otto muuttaa pohjan pinnanmuotoja ja voi aiheuttaa rantojen eroosiota ja haitata kalataloutta. Vaikutusten laajuus ja kesto vaihtelevat ottomenetelmän ja alueen ominaisuuksien mukaan. Myös muu ruoppaus- ja läjitystoiminta aiheuttaa samantapaisia haittoja.
Ruoppaus muuttaa merenpohjaa.
Merenpohjan luonnonvarojen käyttöä säädellään jo useilla säädöksillä, muun muassa maankäyttö- ja rakennuslailla. Merenhoidon toimenpideohjelma pyrkii kehittämään lainsäädäntöä sekä alan suunnittelua ja tutkimusta niin, että ne tukevat maa-ainesten kestävää käyttöä.
Lisäksi laaditaan Suomen rannikkoalueet kattava merihiekan ja kiviainesten ottosuunnitelma. Tällaista suunnitelmaa edellytetään Helcomin Itämeren toimintaohjelmassa, ja sen tavoite on hallita ottotoiminnasta syntyviä haittoja. Ruoppaustoiminnan haittoja pyritään lieventämään erityisesti kehittämällä ruoppausten seurantaa ja valvontaa palvelevia tietojärjestelmiä.