Valoisa vyöhyke ulottuu Itämerellä parhaimmillaan yli 20 metrin syvyyteen. Sen alapuolella pimeys alkaa olla pysyvä olotila. Eliölajisto muuttuu syvyyden kasvaessa, ja lopulta viimeisetkin auringonvaloa tarvitsevat kasvit ja levät jäävät pois. Tilalle tulevat erilaiset selkärangattomat eläimet.
Merirokko on tullut Itämereen jo 1800-luvun alussa. Se on Suomen rannikon ainoa siimajalkaisäyriäinen. Varsinainen eläin piilottelee kalkkikuoren sisällä. Merirokkoa ei löydy Perämereltä, koska siellä merivesi ei ole tarpeeksi suolaista.
Valkokatka elää koko rannikolla. Se syö meren pohjalle vajonnutta kasviplanktonia. Yhdellä neliömetrillä saattaa vilistää jopa 10 000 yksilöä. Laji kärsii kuitenkin pohjien hapettomuudesta, jonka rehevöityminen on aiheuttanut.
Kilkki on kookas äyriäinen ja se voi kasvaa jopa 10 cm mittaiseksi. Kilkit syövät raatoja ja saalistavat valkokatkoja ja liejusimpukoita. Kilkki viihtyy kylmässä vedessä, joten päiväsaikaan ne pysyttelevät syvällä merenpohjalla.
Liejusimpukka on levittäytynyt Itämerelle simpukkalajeista laajimmin. Se viihtyy kaikenlaisilla pehmeillä pohjilla. Liejusimpukan toukat kelpaavat erityisen hyvin silakalle ja kilkille ruoaksi.
Itämeren syvyyksissä lepäävä merenpohja näyttää ensi silmäyksellä yhtä autiolta kuin kuun pinta. Kasveja ja leviä ei näy missään, ja maisema vaikuttaa jähmettyneen pimeyteen ja hiljaisuuteen.
Meistä ihmisistä ei olisi elämään tällaisessa ympäristössä, mutta moni pieni eläin on siellä kuin kotonaan. Osa lajeista elää kaivautuneena merenpohjaan, toiset ryömivät pitkin pohjan pintaa tai uivat sen yllä. Jotkut elävät koko elämänsä kiinnittyneinä kiviin tai kalliopinnoille.
Ravinnosta käydään jatkuvaa kamppailua. Syvyyksien ravintoketju perustuu siihen eloperäiseen ainekseen, joka laskeutuu merenpohjaan ylemmistä vesikerroksista. Simpukat ja monet muut eläimet suodattavat ravinnokseen vedessä leijuvia pieniä hiukkasia. Saalistajia ja raadonsyöjiä on paljon.
Syvien pohjien eläinlajisto on melko samanlaista pitkin rannikkoa. Avointen merialueiden syvänteissä yleisimpiä lajeja ovat valkokatka ja merivalkokatka. Näitä noin sentin mittaisia äyriäisiä voi olla valtavasti, jopa 10 000 yksilöä neliömetrillä. Tonkiessaan merenpohjaa katkajoukko hapettaa tehokkaasti pintasedimenttiä. Välillä katkat pyrähtävät uimaan siirtyäkseen uuteen paikkaan.
Katkoja vaanivat monet pienet saalistajat kuten monisukasmadot sekä erityisesti äyriäisten pyyntiin erikoistunut liejusukasjalkainen. Hyvin yleinen pehmeiden pohjien asukas on parin sentin pituinen okamakkaramato, jonka ulkomuoto ja sileä pinta tuo mieleen pienen prinssinakin. Pohjaan kaivautuneesta okamakkaramadosta pilkistää esiin vain sapelimaisilla hampailla varustettu pyyntikärsä.
Suurempia eläimiä edustavat paikallaan jököttävät liejusimpukat sekä pohjia pitkin hiipivä kilkki – jopa kymmensenttiseksi kasvava peto, jolle kelpaavat ravinnoksi myös pohjaan vajonneet raadot. Kivi- ja kalliopintojen tavallisia lajeja ovat sinisimpukka, merirokko ja levärupi sekä erilaiset polyypit.
Perämeren vähäsuolaisilla vesillä tärkeimpiä syvien vesien suodattajia ovat sienieläimet ja kaspianpolyyppi. Toisella melko vähäsuolaisella merialueella, itäisellä Suomenlahdella, tavataan niiden lisäksi merirokkoa.
Suomenlahden itäosissa voi nykyisin kohdata myös vaeltajasimpukan. Kivipinnoille kiinnittyvä viirullinen vaeltajasimpukka on kotoisin Mustanmeren, Kaspianmeren ja Asovanmeren alueelta, mistä se on levinnyt luultavasti kanavia ja jokia pitkin Itämereen. Suomen merialueella se havaittiin ensi kerran vuonna 1995.
Lounaisrannikolla voi puolestaan nähdä Pohjois-Amerikasta peräisin olevan vieraslajin, liejutaskuravun. Se on saapunut Suomen rannikolle melko äskettäin – ensihavainto on vuodelta 2008 – mutta se näyttää runsastuvan vauhdilla.
Myös liejuputkimadot ovat uudehkoja tulokkaita. Näitä kymmensenttisiksi kasvavia monisukasmatoja esiintyy Atlantilla ja Jäämerellä, mutta Suomen merialueelta niitä on löydetty vasta 1990-luvulta lähtien. Sittemmin ne ovat levinneet Suomen koko rannikolle. Liejuputkimadot kaivelevat syviä käytäviä meren pehmeisiin pohja-aineksiin niin suojaisilla kuin avoimillakin paikoilla.
Itämeren rehevöityminen ja syvänteiden hapettomuus uhkaavat pohjan eliöyhteisöjä. Rehevöityminen lisää eloperäisen aineksen laskeutumista pohjaan, mikä kiihdyttää happea kuluttavaa hajotustoimintaa. Kun merenpohjalta loppuu happi, seuraa lisää ongelmia: pohjasedimentistä alkaa vapautua sinne aiemmin varastoitunutta fosforia, mikä entisestään voimistaa rehevöitymistä. Tätä kutsutaan sisäiseksi kuormitukseksi.
Merenpohjan happikato vaivaa erityisesti Suomenlahtea ja Saaristomerta. Hapettomia pohjia on kuitenkin löytynyt viime vuosina myös Selkämereltä.
Syvänteiden eläimet sietävät happikatoa vaihtelevasti: esimerkiksi valkokatka ja merivalkokatka heikosti, okamakkaramato ja liejuputkimadot paremmin. Pitkittynyt hapettomuus hävittää kuitenkin aikanaan sitkeimmätkin pohjaeläimet.
Katkoilla ja monilla muilla pehmeiden pohjien lajeilla on oma merkityksensä meren hyvinvoinnille. Ne myllertävät pohja-ainesta ja tuovat sedimentin pintakerroksiin happea. Näin ne lisäävät fosforin sitoutumista sedimenttiin ja vähentävät alueen rehevöitymistä.
Kivi- ja kalliopohjien eliöyhteisöillä on toisenlaisia haasteita. Rehevöityneessä meressä pohjaan vajoaa paljon erilaisia hiukkasia, jotka kertyessään tukahduttavat aikuisia eliöitä. Ne myös liettävät pohjaa, mikä estää selkärangattomien eläinten toukkien kiinnittymisen kivipintoihin.
Hieman katkoja muistuttavat mulkosilmäiset massiaiset inhoavat valoa niin paljon, että ne poistuvat pimeistä syvänteistä ainoastaan öiseen aikaan.
