Itämeren suolaisuuteen vaikuttavat sekä mereen laskevat joet, jotka tuovat makeaa vettä, että Tanskan salmista tulevat suolaisen veden ryöpsähdykset, niin sanotut suolapulssit. Kun suolaista vettä saapuu niukasti, mereiset lajit taantuvat. Ilmastonmuutoksen odotetaan makeuttavan Itämeren vettä entisestään, mikä heijastuu planktonyhteisöihin.
Itämeren kasviplankton on tottunut vähäsuolaiseen murtoveteen.
Planktonyhteisöjen ja niiden elinympäristön tilaa arvioidaan seuraamalla sekä kasviplanktonin että eläinplanktonin lajistoa. Molemmat indikaattorit antavat viitteitä elinympäristön rehevöitymisestä: sinilevät ovat runsastuneet, ja eläinplankton sisältää entistä enemmän reheville vesille ominaisia pienikokoisia lajeja.
Muuttunut planktonyhteisö tarjoaa heikompaa ravintoa silakalle ja kilohailille sekä muille planktonia syöville kaloille.