Tutkimuslaitoksen toiminta keskittyy Saaristomeren ja Itämeren alueen monitieteelliseen tutkimukseen, jonka keskiössä on erityisesti meriympäristön tilan pitkäaikaisseuranta ja siihen liittyvä mallinnus.

Vuonna 1966 alkanutta meriympäristön seurantaa tehdään saaren pohjoispuolella sijaitsevalla ODAS-seurantapisteellä. Seuranta sisältää sekä pitkäaikaismuutosten että lyhytaikaisten prosessimuutosten havainnointia automaattisella profiloivalla mittauspoijulla. Ympäristöseurantaa tehdään yhteistyössä monien eri sidosryhmien kanssa.

Tutkimuslaitos tarjoaa vierailijoille monipuoliset tutkimuspalvelut

Tutkimuslaitos tarjoaa saarella vieraileville tutkijoille, opettajille ja opiskelijoille tutkimuspalveluita, joihin kuuluvat mm. työskentely- ja laboratoriotilat, tutkimusvälineet, venekuljetus- ja vuokrauspalvelut sekä saaren lajistoon ja meren tilaan liittyvät pitkäaikaisseuranta-aineistot. 

Tutkimuksen ja opetuksen ohella keskeinen osa tutkimuslaitoksen toimintaa on tiedeviestintä ja tiedematkailu.