
Happikato ja muut häiriöt vaikuttavat merenpohjan tilaan
Merenpohja tarjoaa monenlaisia elinympäristöjä Itämeren eliölajeille. Kaikki pohja-alueet eivät kuitenkaan ole enää entisellään. Muutokset näkyvät pohjan eliöyhteisöissä.
Suomen merialueilla on laaja kirjo erilaisia merenpohjan elinympäristöjä. Muta-, sora-, hiekka- ja kalliopohjat pitävät kukin yllä omanlaisiaan eliöyhteisöjä. Siellä, missä valoa riittää, kasvillisuus lisää elinympäristön monimuotoisuutta. Pimeä vyöhyke taas on kokonaan eläinten valtakuntaa. Siellä elävät eläimet syövät muun muassa ylhäältä vajoavaa kasvijätettä.

Eliölajisto ja happipitoisuus kertovat merenpohjan tilasta
Merenpohjan tilaa arvioidaan suoraan vesikasvillisuuden ja pohjaeläinten avulla sekä toisaalta mittaamalla pohjan läheisen veden happipitoisuutta.
Happipitoisuus on tärkeä mittari, koska hapen saatavuus sanelee eliöiden elinmahdollisuudet. Rehevöityneessä meressä happi uhkaa loppua pohjan tuntumasta. Tämä johtuu siitä, että rehevässä vedessä syntyy enemmän eliöiden jäänteitä ja jätöksiä, jotka vajoavat merenpohjaan. Siellä eläville hajottajamikrobeille tulee siis lisää töitä. Kiivas hajotustoiminta kuluttaa pohjan happivarantoja, sillä hajottajamikrobitkin hengittävät.
Rannikolla rehevöityminen näkyy erityisesti vesikasvillisuuden taantumisena ja yksipuolistumisena. Rakkolevää ja punaleviä esiintyy enää kaikkein matalammissa vesissä. Rehevöityneillä alueilla myös herkkien vesikasvien osuus lajistossa on pienempi. Rehevöityneitä rannikoita on Suomen kaikilla merialueilla.

Merenpohja on altis vaurioille
Rehevöityminen lisäksi merenpohjan hyvinvointia voivat uhata myös pohja-alueisiin kohdistuvat konkreettiset toimet, kuten ruoppaus ja meri- ja rantarakentaminen. Ne voivat aiheuttaa paikallisia vaurioita merenpohjaan ja sen ekosysteemeihin.
Matalilla merialueilla harjoitettu vesiliikenne voi niin ikään häiritä merenpohjan rauhaa. Laivojen ja huviveneiden synnyttämät pohja-aallot sekoittavat sedimenttejä ja altistavat ne eroosiolle. Veneiden ankkurit saattavat repiä irti merenpohjan kasvillisuutta. Tällaiset häiriöt ovat kuitenkin yleensä lyhytkestoisia; eliöyhteisöt toipuvat niistä melko nopeasti, ellei häiriö toistu.