Itämeren planktonyhteisöt elävät murtovedessä. Tämä näkyy planktonlajistossa, jossa on sekä meressä eläviä lajeja että järvistä tuttuja lajeja. Merilajit vaativat melko suurta suolapitoisuutta. Järvistä tuttuja makean veden lajeja taas esiintyy etenkin rannikoiden läheisyydessä ja Perämeren ja Suomenlahden matalasuolaisissa pohjukoissa. Mereisten eläinplanktonlajien osuus Itämeressä on vähentynyt viime aikoina.
Itämeren suolaisuuteen vaikuttavat sekä mereen laskevat joet, jotka tuovat makeaa vettä, että Tanskan salmista tulevat suolaisen veden ryöpsähdykset, niin sanotut suolapulssit. Veden suolaisuus, lämpötila ja ravinnepitoisuus vaikuttavat kasvi- ja eläinplanktonin lajistoon.
Itämeren kasviplankton on tottunut vähäsuolaiseen murtoveteen. Sen sijaan Itämeren ainutlaatuinen eläinplanktonyhteisö, josta osa on jääkauden reliktejä, on hyvin herkkä ympäristön muutoksille. Kun suolaista vettä saapuu niukasti, etenkin mereiset eläinplanktonlajit taantuvat. Ilmastonmuutoksen odotetaan makeuttavan Itämeren vettä entisestään, mikä heijastuu planktonyhteisöihin. Samalla meriveden lämpötilan ennustetaan nousevan.
Planktonyhteisöjen ja niiden elinympäristön tilaa arvioidaan seuraamalla sekä kasviplanktonin että eläinplanktonin lajistoa useilla indikaattoreilla.
Kasvi- ja eläinplanktonindikaattorit antavat viitteitä elinympäristön rehevöitymisestä: sinilevät ovat runsastuneet useilla alueilla, ja eläinplankton sisältää entistä enemmän reheville vesille ominaisia pienikokoisia lajeja.
Ilmastonmuutos voi entisestään vahvistaa rehevöitymisen vaikutuksia, sillä veden lämpeneminen johtaa pohjien happitilanteen heikkenemiseen. Pohjien hapettomuus pahentaa niin kutsuttua sisäistä kuormitusta eli fosforin vapautumista pohjista takaisin veteen. Tämä nostaa veden ravinnepitoisuuksia, mikä taas kiihdyttää sinileväkukintoja.
Kasvi- ja eläinplanktonyhteisössä tapahtuvat muutokset vaikuttavat Itämeren ravintoverkkoon ja myös kaupallisiin kalakantoihin. Muuttunut planktonyhteisö tarjoaa heikompaa ravintoa silakalle ja kilohailille sekä muille planktonia syöville kaloille.
