Itämeren allas on suuri lommo Euraasian mannerlaatassa. Altaan ruhjoi nykyiseen muotoonsa viime jääkauden kivinen jäätäkki, joka oli paikoitellen kolmekin kilometriä paksu. Noin 13 000 vuotta sitten ilmasto alkoi lämmetä, ja lämpö sulatti mannerjään reunalle järven. Sittemmin vesialueen suolaisuus heilahteli sen mukaan, miten vapaasti valtameren vettä pääsi virtaamaan alueelle. Meille tuttu vähäsuolainen murtovesimeri on lainehtinut Itämeren altaassa vasta muutamia tuhansia vuosia.
Itämeren allas on ollut olemassa kallioperän painumana jo 500-600 miljoonaa vuotta. Kuitenkin vasta viimeisen Veiksel jääkauden vetäytyvä mannerjää ruhjoi ja muotoili Itämeren altaan nykyiseen muotoonsa.
”Silloin poikana, kun isä minut tänne mukanansa toi, isä kertoi, että isänsä tai paljon ennen joku kuitenkin oli soutamalla mennyt niin kauas pohjan suuntaan, että oli siellä nähnyt suuren korkeana huuruisena hohkaavan jäänreunan. Siellä jäiseen veteen kasvaa joka ilta uusi luoto. Kun päivä sulattelee jään pohjaan asti, niin kivi karkaa karikoiksi kivijäitten sisältä…”
20 000 vuotta sitten paikoitellen jopa kolmen kilometrin paksuinen mannerjäätikkö peitti Itämeren aluetta. Valtava jäätäkki painoi maaperää alaspäin syvälle lommolle.
Kun ilmasto vaiheittain lämpeni, mahtava mannerjäätikkö alkoi sulaa. Sulavan mannerjään tulvavirroissa lorisi valtava määrä vettä. Sinertävän jäätikön huuruavalle reunalle syntyi laaja Baltian jääjärvi, jonka vedenpinnan sulamisvedet nostivat kymmeniä metrejä ylemmäs valtameren pintaa. Jääjärvi peitti osan Baltiaa ja koko Etelä-Suomen aina Salpausselille asti.
Seuraavien tuhansien vuosien kuluessa valtameren vedenkorkeus vaihteli ja peruskallio ”hengitti” avaten ja sulkien väylää valtamereen. Vesialueen suolaisuus muuttui sen mukaan, miten paljon valtameren vettä alueelle pääsi virtaamaan.
Muutamaan tuhanteen vuoteen jääkauden päättymisen jälkeen Itämeren altaasta ei ollut vesiyhteyttä valtamereen ja alueella oli pitkään makeavetisiä järviä. Sitten nykyisen Keski-Ruotsin seutuville avautui sen verran leveä yhteys valtamereen, että Itämeren altaaseen pääsi virtamaan runsassuolaista merivettä: murtovetinen Yoldiameri syntyi noin 11 000 vuotta sitten.
Noin 10 000 vuotta sitten Itämeren altaassa lainehti jälleen makeaa vettä, Ancylusjärvi, jonka pinta oli valtameren pintaa korkeammalla.
Itämeren altaan viimeisin nykyistä suolaisempi murtovesivaihe alkoi kun Tanskan salmien kautta avautui yhteys Pohjanmereen. Valtameren pinnan noustessa suolaista vettä virtasi nopeasti Itämereen. Makeavetinen Ancylusjärvi muuttui lyhyessä ajassa Litorinamereksi noin 9000 vuotta sitten.
Kun mannerjää asteittain suli, mahtavan jäätikön paine keveni ja sen maahan painama valtama lommo alkoi oieta. Maannousu ja merenpinnan lasku paljastivat veden alta yhä enemmän maata.
Loputkin Fennoskandian mannerjään rippeet sulivat noin 8 500 vuotta sitten.
Itämeren suolaisuus vaihteli sen mukaan, kuinka paljon suolaista vettä alueelle pääsi virtaamaan. Esimerkiksi noin 4000–6000 vuotta sitten Tanskan salmet olivat syvemmät ja leveämmät kuin nykyään. Silloin Itämereen pääsi virtaamaan paljon valtameren vettä ja suolapitoisuus kasvoi kahdeksankertaiseksi verrattuna tämän päivän Itämereen.
Nykyisellään Itämereen pääsee vitaamaan runsassuolaista Pohjanmeren vettä vain ahtaiden Tanskan salmien kautta, sen sijaan sadoista joista virtaa mereen jatkuvasti runsaasti makeaa vettä. Siksi Itämeri on suhteellisen vähäsuolainen sisämeri, jonka vesi vaihtuu hitaasti. Meille tuttu murtovesimeri on lainehtinut Itämeren altaassa vasta muutamia tuhansia vuosia. Se on lyhyt aika merelle.
Viimeisen jääkauden mannerjään painama lommo jatkaa tänäkin päivänä hidasta oikenemistaan. Heti mannerjään sulettua maan kohoamisnopeus oli kuitenkin noin kymmenkertainen verrattuna nykyiseen. Maankohoaminen on synnyttänyt – ja synnyttää edelleen – pääosan merialueemme saarista.
Itämeren rantaviiva jatkaa edelleen muovautumistaan. Kun maa vähitellen kohoaa, Itämeren saaristo muuttuu verkkaisesti koko ajan. Uusia saaria nousee ja toisia häviää niiden yhtyessä mantereeseen tai toisiin saariin.
Nopeinta maankohoaminen on Perämerellä ja Merenkurkussa, jossa maa kohoaa 9 millimetriä vuodessa: saaristoon syntyy sata hehtaaria uutta maata joka vuosi. Muutoksen voi havaita jo muutamassa vuodessa, kun uusia luotoja nousee, vanhat luodot kasvavat saariksi, ja merenlahdet kuroutuvat fladoiksi ja kluuvijärviksi.
Nykyisten jokien kulkusuunnista voi päätellä, että muinaiset joetkin ovat virranneet Itämeren altaan keskustaan.
Viiimeinen mannerjäätikkö koversi kallioperän pinnasta pois noin seitsemän metriä paksun kerroksen ja kuljetti sitä palasina mukanaan.
De Geer -moreenit muodostavat erityisesti Merenkurkun saaristoon pitkiä samansuuntaisia saaria.
Tanskan salmissa, Itämeren eteläosassa, maa ei enää kohoa vaan vajoaa.
Muutaman tuhannen vuoden kuluttua Perämerestä on tullut suuri järvi.
