Itämeri on piirteiltään ainutlaatuinen
Itämeri on maailman nuorin meri. Mantereet ympäröivät sitä lähes joka puolelta ja yhteys mereen on kapea ja matala. Vuosittain Itämeren pintaa peittää ainakin osittainen jää. Moniin muihin meriin verrattuna Itämeri on vähäsuolainen ja melko matala. Nämä kaikki tekevät siitä ainutlaatuisen merialueen koko maailmassa.
Itämeren vesi on vähäsuolaista murtovettä. Alhainen suolapitoisuus johtuu siitä, että Itämerellä on vain kapea yhteys valtamereen ja lisäksi mereen laskee huomattava määrä jokivesiä. Vähäsuolaisuus vaikuttaa merkittävästi meren eliömaailmaan. Lajistonsa puolesta Itämeri onkin omintakeinen sekoitus merilajeja ja makean veden lajeja.
Matala ja geologialtaan vaihteleva Itämeri tarjoaa eliöille monenlaisia elinympäristöjä: suojaisia lahtia ja poukamia, avoimia kalliorantoja, alati liikkuvia hiekkapohjia ja ylös vedenpintaan nousevia kiviriuttoja. Maankohoaminen muuttaa rantojen muotoja ja syvyyssuhteita jatkuvasti. Maankohoaminen on synnyttänyt Pohjois-Itämeren rannikolle ainutlaatuisia luontotyyppejä: merestä irti kuroutuvia lahtia eli fladoja sekä niistä muodostuneita kluuvijärviä.
