Itämeri on pieni ja monen maan ympäröimä meri

Itämeren ulkoreunaksi on määritelty Tanskan salmien ja Kattegatin välinen raja. Skagerrakia ja Kattegatia ei yleensä lueta Itämereen. Tanskan kapeat salmet ovat Itämerelle elintärkeitä, sillä vain niiden kautta Itämeri on yhteydessä valtameriin.

Tanskan salmilla tarkoitetaan kahta vierekkäistä vesireittiä, jotka yhdistävät Itämeren Pohjanmereen. Vesireiteistä toinen on kapea Juutinrauma (Öresund), joka kulkee Ruotsin etelärannikon ja Tanskan Sjællandin saaren välistä. Toinen on Sjællandin saaren ja Jyllannin niemimaan välissä oleva Belttien meri. Se jakautuu kahdeksi salmeksi: Iso-Belt ja Vähä-Belt.

Kaikki nämä salmet ovat matalia, mikä rajoittaa veden vaihtumista Itämeren ja Pohjanmeren välillä. Matalin on Juutinrauma, pienimmillään vain 7–8 metriä syvä. Toinen matala kohta on Belttien merellä, Tanskan salmien eteläpuolella. Tämä Darssin kynnys nousee 18 metriin merenpinnasta. Se määrää, millaiset alukset – kuinka syvällä uivat laivat – pääsevät Itämerelle.

Tanskan salmissa pintaveden suolapitoisuus on selvästi suurempi kuin muilla Itämeren alueilla – vähintään kaksinkertainen verrattuna Itämeren pääaltaaseen. Salmien suolapitoisuus myös vaihtelee sen mukaan, miten tuulet ja virtaukset kuljettavat vettä Pohjanmereltä Itämereen ja päinvastoin.

Suolaisuuden ansiosta Tanskan salmissa esiintyy monia sellaisia mereisiä eliölajeja, joita ei tavata muualta Itämereltä. Makroskooppisia eli paljaalla silmällä näkyviä lajeja elää siellä pitkälti toista tuhatta, kun esimerkiksi Selkämerellä niitä on alle 400.

Kun Itämerelle saapuva laiva on läpäissyt Tanskan salmet, se kohtaa aluksi Arkonan altaan, joka sijaitsee Ruotsin ja Saksan välissä. Sieltä laiva jatkaa matkaansa Bornholmin saaren itäpuolella levittäytyvään Bornholmin altaaseen.

Edelleen itään tai pohjoiseen matkattaessa tulee vastaan Gotlannin allas. Se jaetaan kolmeen osaan: itäiseen, läntiseen ja pohjoiseen Gotlannin altaaseen. Itäisen altaan kyljessä on kaksi suurta lahtea, etelässä Gdanskinlahti ja pohjoisempana Riianlahti.

Arkonan, Bornholmin ja Gotlannin altaiden kattamaa laajaa aluetta kutsutaan usein varsinaiseksi Itämereksi tai vaihtoehtoisesti Itämeren pääaltaaksi. Siellä meren syvyys vaihtelee yleensä 50 ja 100 metrin välillä, mutta paikoin syvyyttä on yli 200 metriä.

Varsinaisen Itämeren matalimmat alueet ovat etelässä. Syvin kohta sijaitsee puolestaan läntisen Gotlannin altaan pohjoisosissa. Tämä Landsortin syvänne ulottuu 459 metriin, ja se on koko Itämeren syvin kohta.

Varsinaisen Itämeren syvät vedet ovat alttiita happikadolle, koska vesi on pysyvästi kerrostunut suolaisuuden mukaan. Itämeren pohjan laajimmat happikatoalueet löytyvätkin Gotlannin altaasta. Alueen pintavesiä vaivaa puolestaan rehevöityminen. Sinilevämassoja esiintyy usein Itämeren keskisellä ulapalla.

Suomen eteläpuolella oleva Suomenlahti on suora jatke Gotlannin altaalle, sillä lahden suulla ei ole veden kiertoa rajoittavia pohjan harjanteita eli kynnyksiä. Ravinteikkaat syvännevedet pääsevät siten esteettä työntymään Gotlannin altaasta Suomenlahdelle, minkä vuoksi Suomenlahden pohja-alueita vaivaa usein happikato. Pintaveden ravinnepitoisuudet ovat suurempia kuin muualla Itämerellä, mikä ruokkii rehevöitymistä ja sinileväkukintoja.

Itämeren pohjoisin allas on Pohjanlahti, joka on melko erillään muusta Itämerestä. Pohjanlahti jakaantuu Saaristomereen, Ahvenanmereen, Selkämereen ja Perämereen. Selkämeren ja Perämeren välissä on kapea ja matala Merenkurkku, syvimmilläänkin vain 25 metriä syvä kynnys, joka rajoittaa veden virtausta.

Rikkonainen Saaristomeri hidastaa niin ikään meriveden etenemistä varsinaiselta Itämereltä Selkämerelle. Saaristomeri toimii myös eräänlaisena ravinnesuodattimena: sen hitaat virtaukset ja runsas eliöstö pidättävät ravinteita ja estävät niiden pääsyn pohjoiseen. Samalla Saaristomeri itse kuitenkin kärsii rehevöitymisestä.

Saaristomeren pohjoispuolella – Selkämeressä ja Perämeressä – pohja-alueet voivat paremmin kuin Suomenlahdella tai Itämeren pääaltaassa. Myös veden fosforipitoisuus on pienempi kuin muualla Itämerellä ja sinilevän massaesiintymiset harvinaisempia.

Suomenlahden ja Pohjanlahden erityispiirteitä on veden suolapitoisuuden nopea väheneminen kohti lahtien perukkaa. Perämeri on Itämerenkin mitassa hyvin vähäsuolainen; sen pintaveden suolapitoisuus on vain 3,5 promillea, kun varsinaisella Itämerellä suolaa on kaksin verroin. Pohjanlahden toinen erikoisominaisuus on nopea maankohoaminen, mikä vaikuttaa rannikon elinympäristöihin.

Ahvenanmaan ja Ruotsin väliin jäävä Ahvenanmeri sijaitsee siirrosvyöhykkeellä, ja sen pohjan muodot ovat jyrkkiä. Suomen läntisimmän paikan, Märketin majakkasaaren läheisyydessä merenpohja painuu jopa 300 metrin syvyyteen, tarkalleen ottaen 301 metriin. Tämä on Itämerellä ainoa alue, jossa päästään näin suuriin syvyyksiin lähellä maata.

Selkämeren syvin kohta on 293 metriä ja Perämeren 146 metriä. Nämä syvänteet sijaitsevat lähempänä Ruotsia kuin Suomea. Suomenlahden syvin kohta, 123 metriä, on Viron luoteisrannikon edustalla.