Itämeren valoisa vyöhyke ulottuu parhaimmillaan yli 20 metrin syvyyteen, minkä jälkeen pimeys alkaa olla pysyvä tila. Lajisto muuttuu syvyyden kasvaessa, ja lopulta viimeisetkin auringonvaloa yhteyttämiseen tarvitsevat kasvit ja levät jäävät pois. Tilalle tulevat erilaiset selkärangattomat eläimet.
Merirokko on tullut Itämereen jo 1800-luvun alussa. Se on Suomen rannikon ainoa siimajalkaisäyriäinen. Varsinainen eläin piilottelee kalkkikuoren sisällä. Merirokkoa ei löydy Perämereltä, koska siellä merivesi ei ole tarpeeksi suolaista.
Kilkki on kookas äyriäinen ja se voi kasvaa jopa 10 cm mittaiseksi. Kilkit syövät raatoja ja saalistavat valkokatkoja ja liejusimpukoita. Kilkki viihtyy kylmässä vedessä, joten päiväsaikaan ne pysyttelevät syvällä merenpohjalla.
Liejusimpukka on levittäytynyt Itämerelle simpukkalajeista laajimmin. Se viihtyy kaikenlaisilla pehmeillä pohjilla. Liejusimpukan toukat kelpaavat erityisen hyvin silakalle ja kilkille ruoaksi.
Valkokatka elää koko rannikolla. Se syö meren pohjalle vajonnutta kasviplanktonia. Yhdellä neliömetrillä saattaa vilistää jopa 10 000 yksilöä. Laji kärsii kuitenkin pohjien hapettomuudesta, jonka rehevöityminen on aiheuttanut.
Avointen merialueiden syvänteissä yleisimpiä lajeja ovat valkokatka ja merivalkokatka (Monoporeia affinis, Pontoporeia femorata), liejusukasjalkainen (Bylgides sarsi) sekä makkaramato (Halicryptus spinulosus). Koviin pintoihin kiinnittyvät sinisimpukat (Mytilus trossulus), merirokot (Amphibalanus improvisus), levärupi (Einhornia crustulenta) ja polyypit (Laomedea loveni, Cordylophora caspia).
Suojaisemmilla syvillä pohjilla viihtyvät liejusimpukat (Macoma balthica) ja monisukasmadot (mm. Marenzelleria spp.). Matalammissa syvänteissä esiintyvät yleisinä merisukasjalkainen (Hediste diversicolor), surviaissääsken toukat (Chironomidae), harvasukasmadot (Oligochaeta) ja vesikotilot. Uudehkona tulokkaana myös liejutaskurapu (Rhithropanopeus harrisii) on vallannut elintilaa etenkin lounaisen sisäsaariston pehmeiltä ja kivikkoisilta pohjilta.
Syvyyksien kookkaimpana selkärangattomana pohjia pitkin hiipii kilkki (Saduria entomon), jopa kymmensenttiseksi kasvava peto, jolle kelpaavat ravinnoksi myös pohjaan vajonneet raadot.
Perämeren vähäsuolaisilla vesillä tärkeimpiä syvien vesien suodattajia ovat sienieläimet ja kaspianpolyypit (Ephydatia fluviatilis, Cordylophora caspia). Toisella melko vähäsuolaisella merialueella eli Itäisellä Suomenlahdella tavataan edellä mainittujen lisäksi myös merirokkoa. Itäisimmillä vesillä myös tulokaslaji vaeltajasimpukka (Dreissena polymorpha) on paikoin vallannut kovia pohjia.
Koko Suomen rannikolle levinnyt tulokaslajiryhmä, liejuputkimadot (Marenzelleria spp.), kaivelee syviä käytäviä meren pehmeisiin pohja-aineksiin niin suojaisilla kuin avoimillakin paikoilla.
Itämeren sisäinen kuormitus ja syvänteiden hapettomuus uhkaavat pohjan eliöyhteisöjä etenkin Saaristomerellä ja Suomenlahdella.
Pehmeiden pohjien eläimet, kuten mm. hapekkailla alueilla viihtyvät valkokatkat ja merivalkokatkat (Monoporeia affinis, Pontoporeia femorata) sekä heikommissa oloissa pärjäävät makkaramadot (Halicryptus spinulosus) ja vierasperäiset liejuputkimadot (Marenzelleria spp.) myllertävät pohja-ainesta ja tuovat sedimentin pintakerroksiin happea. Näin ne lisäävät fosforin sitoutumista ja vähentävät alueen rehevöitymistä. Kuitenkin pitkittynyt hapettomuus hävittää aikanaan sitkeimmätkin pohjaeläimet.
Kovien pohjien eliöyhteisöjen leviämiseen ja asettumiseen vaikuttaa myös pohjan pinnoille kertyvä sedimentti. Vajoava kuollut eloperäinen aines ja sedimentti lisääntyvät rehevöityneessä vesistössä. Ne tukahduttavat aikuisia eliöitä ja liettynyt pohja estää selkärangattomien eläinten toukkien kiinnittymistä koviin pintoihin.
Vesien rehevöitymisen yhtenä seurauksena on paikoittainen syvänteiden happikato. Meren pohjasedimenttiin sitoutunut fosfori alkaa hapen loppuessa vapautua takaisin veteen ja seurauksena on kohtalokas itseään ruokkiva kuormituskierre, kun rehevän alueen tuottama eloperäinen aines vajoaa pohjalle ja sen hajoaminen ennestään kuluttaa pohjan vähäisiä happivaroja. Ilmiötä kutsutaan sisäiseksi kuormitukseksi.
Mulkosilmäiset massiaiset inhoavat valoa niin paljon, että ne poistuvat pimeistä syvänteistä ainoastaan öiseen aikaan.
