Harjusaaret ovat pääosin hiekkaisia, matalia saaria, joiden rannat jatkuvat usein hiekkaisina myös veden alle. Saaristomerellä monet harjusaaret ovat Salpausselkien jatkeita. Harjusaarten vedenalaisista osista saattaa löytyä hiekkasärkkiä, meriajokasniittyjä tai näkinpartaiskasvustoja. Harjusaaret voivat olla myös kivikkoisia, jolloin niitä ympäröivä merenpohjakin koostuu lohkareista, kivistä tai sorasta.

Hiekkasärkkä voi olla täysin kasviton merenpohjan hiekkakohouma, tai siinä voi kasvaa moniakin kasvilajeja. Esimerkiksi meriajokasniityt löytyvät usein hiekkasärkiltä. Hiekkasärkät ovat aina veden alla, yleensä alle 20 metrin syvyydessä. Joskus hiekkasärkiltä löytyy pohjaeläimiä, mutta matalassa vedessä sijaitsevilla särkillä hiekka liikkuu niin paljon, että elinympäristö on hankala mille tahansa lajille.

Mukulanäkinparta muodostaa laguuneissa ja laajoissa matalissa lahdissa tiheitä niittyjä, joissa viihtyvät sekä kalanpoikaset että monet selkärangattomat eläimet. Luontotyyppinä tällaiset suojaisat näkinpartaispohjat ovat vaarantuneita. Näkinpartaiset kirkastavat vettä ottamalla siitä ravinteita ja pitämällä hienojakoisen pohja-aineksen paikoillaan. Loppukesällä ilmaantuvat oranssit pallukat ovat lisääntymiselimiä.

Flada on laguuni, joka maan kohotessa kuroutuu pikkuhiljaa irti merestä. Ahven ja moni muu kevätkutuinen kala kutee fladoissa, ja moni lintu kasvattaa niissä poikasensa. Fladojen arvokkaisiin luontotyyppeihin kuuluvat suojaisat näkinpartaispohjat. Fladoista voi löytää myös uhanalaisen vesikasvin, upossarpion. Järviruokokasvustot etenevät laidoilta kohti fladan keskustaa sitä mukaa kuin maankohoaminen mataloittaa fladaa.

Rannikon jokisuistot ovat omintakeisia elinympäristöjä. Joet tuovat niihin jatkuvasti uutta sedimenttiä samoin kuin makeaa vettä. Näissä oloissa viihtyy muun muassa pikkujärvisimpukka. Sen luonnehtimat suursimpukkapohjat ovat erittäin uhanalinen luontotyyppi. Jokisuistoista voi löytää myös uhanalaisen vesikasvin, lietetattaren. Lohelle ja nahkiaiselle jokisuisto edustaa sisäänpääsyä kutujokeen.

Ahdinpallero on pieni rihmalevä, joka kasvaa yleensä kivipinnoilla. Sitä esiintyy erityisesti Perämeressä 1–10 metrin syvyydessä. Kasvualustasta irronneet ahdinpalleron pätkät saattavat jatkaa kasvua pallomaisena muotona aaltojen pyöritellessä niitä. Optimioloissa koko pohja voi olla irtonaisen ahdinpalleron peitossa. Tällaisia alueita löytyy suojaisista, matalista ja pehmeäpohjaisista vesistä.

Riutasta tulee herkästi mieleen trooppinen koralliriutta kalapaljouksineen. Itämerellä riutat ovat muodostuneet kivistä, lohkareista tai kalliosta. Näillä vedenalaisilla kohoumilla elää monenlaisia riuttalajeja, kuten sinisimpukoita ja merirokkoja. Leväkasvustossa esiintyy usein selvää vyöhykkeisyyttä: ylimpänä vihreitä ja ruskeita rihmaleviä, seuraavaksi rakkohaurua ja syvimmällä punalevää.