Merijää on määritetty vaarantuneeksi luontotyypiksi. Ilmastonmuutos nostaa lämpötiloja, jolloin merijään pinta-ala pienenee ja jääpeitteinen aika lyhenee. Tämä tietää ongelmia itämerennorpalle, joka synnyttää poikasensa jäälle lumipesään. Myös harmaahylje eli halli viihtyy jäällä, mutta ei tarvitse jääalustaa kuuttinsa kotipesäksi. Pienissä suolakanavissa jään sisällä elää ekologisesti tärkeitä mikroskooppisia eliöitä.

Meriajokas viihtyy hiekkapohjilla ja vaatii melko suolaista vettä. Sen muodostamat vedenalaiset niityt pitävät yllä laajaa lajikirjoa. Meriajokkaan ohella niityillä voi kasvaa muun muassa ahvenvitaa. Kaloista erikoisimman oloisia ovat pitkulaiset siloneula ja särmäneula. Ne heiluvat aaltojen tahdissa kuin meriheinä. Meriajokaspohjat on vaarantunut luontotyyppi, jota esiintyy Rauman ja Sipoon välisellä merialueella.

Ulappa muodostaa omanlaisensa elinympäristön, jota leimaavat avoimuus ja aallokkoisuus. Kaikki vaihtoehdoissa esitetyt eläimet sisältyvät EU:n luontodirektiiviin, mikä velvoittaa Suomea suojelemaan niitä. Pyöriäinen on harvinainen vieras Suomen merialueilla, muikkua taas esiintyy eniten Perämerellä. Lohi ja siika löytävät ruokansa ulapalta. Rantanuoliainen ei elä ulapalla vaan rantavesissä.

Suojaisat näkinpartaispojat luetaan vaarantuneeksi luontotyypiksi, ja ne on suojeltu luonnonsuojelulailla. Luontotyyppiä löytyy esimerkiksi fladoista ja laajoista matalista lahdista. Pohja-aines on yleensä hienoa hiesua, silttiä tai liejua ja kasvillisuus runsasta. Näkinpartaispohjat tarjoavat suojaa monille selkärangattomille eläimille sekä kalanpoikasille.

Riutoilta löytyvät sinisimpukkapohjat ovat säilyvä luontotyyppi; ne eivät ole toistaiseksi vaarassa hävitä. Sinisimpukoiden kuorta kirjoo usein pitsimäinen valkoinen kalkkikuori. Se koostuu pikkuruisista äyriäisistä, joita kutsutaan leväruveksi. Tervettä riuttaa peittävän sinisimpukkapatjan yllä voi nähdä muun muassa katkoja sekä hyvällä onnella myös käärmemäisen kalan: kivinilkan.

Vesisammalpohjia esiintyy erityisesti Perämerellä. Siellä vesi on liian vähäsuolaista rakkohaurulle mutta sopivaa vesisammalille. Vesisammalpohjat ovatkin Perämerellä samankaltainen avainluontotyyppi kuin haurupohjat ovat muualla Suomen rannikolla: ne tarjoavat suojaa ja ravintoa monille eliölajeille. Perämerellä tavataan yli 20 lajia vesisammalia.

Punaleväpohjat ovat luontotyyppinä erittäin uhanalaisia. Niitä esiintyy harvakseltaan muualla paitsi Perämerellä, joka on useimmille punaleville liian vähäsuolainen. Punaleväpohjia voi esiintyä melko syvälläkin, sillä punalevät pystyvät hyödyntämään syvälle veteen tunkeutuvia valon aallonpituuksia ja vähäistäkin valoa. Punaleväpohjia löytyy erityisesti riutoilta.

Haurupohjilla elää haurujen ohella monia muita eliölajeja, ja ne ovatkin Itämeren tärkeä avainluontotyyppi. Yksi monista haurupohjien lajeista on rihmaleviin kuuluva pieni haurunturkki, joka kasvaa rakkohaurun pinnalla. Haurujen lomasta tapaa usein myös kiviin tai kallioon kiinnittynyttä merirokkoa – veneilijöillekin harmillisen tuttua Itämeren vieraslajia. Haurupohjia esiintyy kaikilla Suomen merialueilla paitsi Perämerellä.