Arkonan ja Bornholmin altaan ja Gotlannin altaan kattamaa laajaa aluetta nimitetään Itämeren pääaltaaksi, eli keskiseksi Itämereksi.

Itämeren syvin kohta on Landsortin syvänne, joka sijaitsee ruotsin rannikolla 459m syvyydessä.

Mannerjäätikkö alkoi vetäytyä Itämeren eteläosista noin 18 000 vuotta sitten, ja se oli vetäytynyt koko Itämeren altaan alueelta noin 10 000 vuotta sitten.

Meren lämpenemisen kaikkia vaikutuksia Itämereen ja sen meriluontoon ei vielä tiedetä. Todennäköistä kuitenkin on, että meri muuttuu rehevämmäksi. Rehevöitymisestä kärsivät eniten viileää ja hapekasta vettä vaativat lohikalat.

Itämeren pintakerroksessa suolapitoisuus on vain 7 promillea (‰), kun valtamerissä se on keskimäärin 3,5 prosenttia (%). Suolaista valtameren vettä siirtyy Itämereen vain ahtaiden Tanskan salmien kautta.

Itämeren pintakerroksessa suolapitoisuus on vain 7 promillea (‰), kun valtamerissä se on keskimäärin 3,5 prosenttia (%). Suolaista valtameren vettä siirtyy Itämereen vain ahtaiden Tanskan salmien kautta.

Hylkeidensuojelualueita on seitsemän ja ne perustettiin vuonna 2001 suojelemaan erityisesti harmaahylkeitä, mutta osa alueista on tärkeitä myös itämerennorpalle. Hylkeidensuojelualueet turvaavat erityisesti Itämeren arvokkaita kallioluotoja ja niitä ympäröiviä vesialueita.

Jääkauden aikana jäämassat irrottivat mukaansa maa-ainesta ja kerrostivat sitä monen kokoista kiviainesta sisältäväksi maalajiksi, moreeniksi. Merenkurkun maaperä on muodostunut tällaisesta moreenista ja alueella onkin runsaasti kiviä. Merenkurkussa moreenista syntyneet muodostumat ovat selkeästi nähtävillä, sillä maata kohoaa jatkuvasti merestä.

Pyöriäinen on ainoa Suomen merialueella vuosittain tavattava valaslaji. Itämeren pyöriäiskanta on nykyään äärimmäisen uhanalainen ja sen suurin uhkatekijä on kalastuksen sivusaaliiksi jääminen, etenkin Itämeren eteläisessä osassa.